Oligo dT磁珠:多功能核酸捕獲工
應(yīng)用場景一:mRNA純化
mRNA是一類攜帶遺傳信息且能指導(dǎo)蛋白質(zhì)合成的單鏈核糖核酸,滿足合成各種蛋白質(zhì)的所有遺傳信息的要求。許多研究發(fā)現(xiàn),mRNA可作為許多疾病診斷的工具,包括腫瘤、胃腸道疾病、心血管疾病、關(guān)節(jié)炎、中樞神經(jīng)系統(tǒng)疾病等。
mRNA序列由5個關(guān)鍵結(jié)構(gòu)元件組成:5'帽結(jié)構(gòu)(Cap)、5'非翻譯區(qū)(UTR)、編碼區(qū)(CDS)、3'非翻譯區(qū)(UTR)和poly(A)尾巴。(圖1)
圖1.mRNA結(jié)構(gòu)示意圖
Oligo dT磁珠是最常用的mRNA捕獲載體之一,其表面的oligo dT與真核生物mRNA的poly A尾互補配對,能夠快速高效地從總RNA、細胞裂解物或帶有poly A尾的體外轉(zhuǎn)錄RNA樣本中分離純化mRNA,下游應(yīng)用于PCR檢測和建庫測序。
圖2.mRNA的qPCR或建庫測序檢測流程圖
應(yīng)用場景二:核酸探針捕獲
Oligo dT磁珠的另一類廣泛應(yīng)用,即固定poly(A)標(biāo)記的核酸探針,進行目標(biāo)序列核酸捕獲,下游應(yīng)用于qPCR檢測。
圖3.目標(biāo)核酸的qPCR檢測流程圖
核酸探針和磁珠固定的方法有共價、親和作用、堿基互補配對、離子或偶極作用等方式,根據(jù)用于場景不同各有優(yōu)缺點。目前也有一些分子診斷試劑開發(fā)企業(yè)選擇oligo dT磁珠作為核酸探針固定的載體。
表1. 磁珠表面核酸探針固定的技術(shù)之間的比較
Oligo dT-poly A 堿基互補配對系統(tǒng) | SA-biotin 親和系統(tǒng) | 共價固定系統(tǒng) | |
探針修飾 | Poly A | 生物素 | NH2 |
磁珠 | Oligo dT磁珠 | SA磁珠 | 羧基磁珠 |
優(yōu)點 | 技術(shù)門檻低 特異性高 穩(wěn)定性好 | 技術(shù)門檻低 反應(yīng)速度快 | 非特異吸附少 成本低
|
缺點 | 成本略高 探針需要poly A標(biāo)記 | 成本略高 探針需要生物素標(biāo)記 | 技術(shù)門檻高 |
一些分子診斷技術(shù)是利用oligo dT磁珠固定肽-寡核苷酸,分離純化血清中HBV DNA。研究結(jié)果顯示oligo dT磁珠的靈敏度比常規(guī)方法的靈敏度高100倍,且核酸的完整好,實驗結(jié)果重復(fù)性高CV達到0.05%。
磁珠推薦
BeaverBeads? Oligo(dT)磁珠表面共價偶聯(lián) Oligo(dT),可高效地從真核生物總RNA或直接從動植物組織或細胞裂解物中快速分離出完整、高純度的mRNA;也可固定poly(A)標(biāo)記的核酸探針,用于目標(biāo)序列核酸的捕獲
分離得到的mRNA和靶標(biāo)核酸可用于多種分子生物學(xué)實驗:RT-PCR、固相cDNA 文庫構(gòu)建、RACE、Northern等。
產(chǎn)品特點:
a) 表面活性位點豐富,mRNA捕獲效率高
b) 表面特殊封閉,非特異性吸附低
c) 超順磁性微球,可配套自動化設(shè)備實現(xiàn)高通量操作
d) 工業(yè)化規(guī)模生產(chǎn),批次穩(wěn)定
圖4.oligo dT磁珠結(jié)構(gòu)示意圖
mRNA純化數(shù)據(jù):
樣本:人細胞Total RNA
上樣量:300ng Total RNA
磁珠用量:20-50uL
實驗結(jié)果:
靶標(biāo) | 磁珠 | Mean Ct |
GAPDH mRNA | 進口品牌 | 22.56 |
BEAVER | 22.62 | |
18S rRNA | 進口品牌 | 26.06 |
BEAVER | 26.19 |
實驗操作過程中,BeaverBeads Oligo (dT)磁珠的懸浮性與進口品牌相當(dāng)。從人細胞total RNA樣本中純化mRNA,采用熒光定量PCR對樣本進行定量檢測,對mRNA(特異性)和sRNA(非特異性)檢測的Ct值偏差<0.1,兩品牌磁珠無明顯差異。
產(chǎn)品名稱 | 貨號 | 規(guī)格 | 載量 | 應(yīng)用給推薦 |
BeaverBeads? Oligo(dT) | 70431 | 1μm,5mg/mL | >2μg mRNA/mg磁珠 | mRNA捕獲、mRNA疫苗加尾分布檢測 核酸探針捕獲 |
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